إصلاح ما يصعب قراءته ، وموارد إختلاف النسخ ، حيث كان منشأ بعض هذه الاختلافات من الناسخين ، وقد صرفنا النظر عمّا اصطلح عليه ب « النسخ البدل الغلط » ، ولكنّنا أشرنا إلى بقيّة الاختلافات في الهامش . وممّا جلب انتباهنا أثناء التحقيق وجود نسخة نفيسه من الإثنى عشرية في الصلاة للشيخ البهائي في مكتبة آية اللّه المرحوم المرعشي النجفي في مدينة قم ، حيث تمّ مقابلة نسخ المكتبة الرضويّة مع النسخة المذكورة . إنّ النسخ التي اعتمدناها تضمّ حواشي للمؤلّف نفسه ، إلّا أن هذه الحواشي ليست موجودة في جميع النسخ ، فقد ضمنت بعض النسخ حواشي للشيخ البهائي ، بينما خلت منها نسخ أخرى ، وقد ختمت الحواشي بعبارات مثل : « منه دام ظلّه » ، « منه طال بقاؤه » ، « منه زيد عمره » و . . . وكما ذكرنا فإنّ بعض الحواشي هي للمؤلّف نفسه ، إلّا أن بعد وفاته استنسخت من النسخ الأخرى وأضيفت للنسخ وختمت بعبارة : « منه رحمه اللّه » ويلاحظ وجود عبارت : « سمعت » و « كذا سمعت » و « سمع » في ختام بعض الحواشي ، وهذا ما يختصّ بتلك النسخ التي تمّ قراءتها على الشيخ . ولقد راعينا اختلاف هذه العبارات وذكرناها كما هي في النسخ حفاظا لمبدأ الأمانة في النقل ، لكي يبقى الاختلاف بين هذه العبارات وما تفيدها محفوظا . وتوجد في بعض النسخ الحواشي التوضيحيّة ، ولم نحرز أنّها من المؤلّف أو من غيره ، أوردناها تحت عنوان « الهامش » . وقد تمّ إعداد وترتيب الإثنى عشريّات وحواشيها ، حيث جعلنا ترتيبها وتنقيطها حسب الأسلوب المعاصر ، كما وتمّ تغيير كتابة بعض الكلمات . ثمّ تلت ذلك مرحلة استخراج الأقوال التي نقلها الشيخ البهائي من كتب الفقهاء الآخرين ، وقد تعتبر هذه المرحلة من أصعب ما عانيناه في تحقيقنا هذا ، فقد جمعنا ما يقارب التسع مائة إرجاع ، وكان استخراج معظمها من كتب مؤلّفيها صعب للغاية ، بل وبعد جهود كثيرة لم نوفق في الحصول على مأخذ بعض تلك الإرجاعات .